1939年，第二次世界大战爆发，美国雖然保持中立，但军队已開始部份动员，巴顿力求建立起美国的装甲部队。1940年，巴顿在美国第3集团军的演习期间担任裁判员，并认识了後來被稱作「美國裝甲兵之父」的小阿德纳·霞飛，两人提出建立一支装甲部队的建议。查菲被任命为这支部队的指挥官[3]:75-76并建立了第1和第2装甲师，还建立了首个联合兵种作戰教範。他任命巴顿指挥第2装甲师的第2装甲旅。这个师是当时美国少数以大量坦克构成的部队之一，巴顿负责对其进行训练[2]:82-83。10月2日，巴顿获晋升为准将，并于11月成为代理师长，1941年4月4日升为少将并担任第二装甲师师长[3]:75-76。随着霞飛从第1装甲师指挥官的位置上退下来，巴顿成为美国装甲学说中最突出的人物，他举办了一次高调的大规模演习，指挥1000辆坦克及车辆从乔治亚州的哥伦布移動到佛罗里达州的巴拿马，再于1940年12月回归[3]:77-79，一个月后全师1300台车辆又再次出发行进一个来回[2]:85。巴顿擁有飞行执照，他在这些演习过程中从空中对部队的车辆、坦克进行观察，以找出实战中的有效部署方法[3]:77-79。巴頓的功勋讓他成為當年《生活》杂志的封面人物[2]:106。
1941年6月，巴顿带领第2装甲师参加田纳西演习，仅用9小时就到达了48小时的计划目标。9月的路易斯安那演习期间，巴頓的部隊在第一阶段隸屬红军時有些失利，到了第二阶段，巴頓被分配到蓝军阵营。他的师绕过红军，行进640公里佔領了路易斯安那州的什里夫波特。10至11月的卡罗莱纳演习期间，巴顿的师俘虏了对方军队指挥官休·阿洛休斯·德鲁姆（Hugh Aloysius Drum）[3]:80-82。1942年1月15日，他成为第1装甲军指挥官，一个月后，巴頓在加利福尼亚州帝王谷（Imperial Valley）建立了沙漠训练中心来进行训练[3]:83。他选择了一片占地40平方公里，位于棕榈泉东南方向80公里的广阔沙漠，从1941年末开始演习，一直持续到1942年夏季。[3]:84-85。自当上指挥官的第一天起，巴顿就极力强调裝甲部隊戰鬥時需不斷打擊敵人的必要性。1944年的一场记者招待会上，巴顿对一位战地记者问题的回答即可表明他相當偏好攻勢主義，记者询问巴頓：「第3集团军在法国各地快速进攻時，是否应该放缓来减少美军伤亡？」而巴顿的回答則是：“只要有一點慢下來，你就是在謀害人命。”[9]:542战争期间，巴顿因其对战斗的热忱而得了一个“匪徒”（Bandito）的绰号[2]:xvi，在他领导下的士兵有时调侃道：“我们的血，他的胆量”。尽管如此，巴顿还是广受其部下的爱戴[3]:2，他手下的将士之间也以“那个老家伙”来称呼巴顿[2]:84。
北非战场
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1942年11月，巴顿（左）和海军少将亨利·肯特·休伊特（Henry Kent Hewitt）在北非外海的美国海军奥古斯塔号重巡洋舰上
参见：北非战场
1942年夏，巴顿经艾森豪威尔指派加入了火炬行动，對北非展開登陸[2]:117-119[3]:90。他指挥24000名将士和100艘船只组成的西方特遣队于1942年12月8日在摩洛哥的达尔贝达周边地区登陆。这一行动遭到了维希法国军队的对抗，但巴顿的手下很快夺取了滩头阵地，并在激烈的交战中推进。11月11日攻下卡萨布兰卡后巴顿与法国将军查尔斯·诺盖（Charles Noguès）经谈判达成一份停战协定[2]:165-166[3]:91-93。摩洛哥苏丹对巴顿相當賞識，后来授予巴顿一枚皇家御座勋章（Order of Ouissam Alaouite），勋章的题词说“躲在巢穴中的狮子也会因他的临近而颤抖”[10]:60。巴顿监督了将卡萨布兰卡转为军港的工作，并于1943年1月協助卡萨布兰卡会议的運行[3]:94。
1943年3月6日，由於美国第2军在凯赛林隘口战役中被德意志非洲军团击败，巴顿取代了劳埃德·弗雷登道尔少将成为第2军新任指挥官，同時晋升为中将。不久，他把奥马尔·布拉德利调來担任副军长[11]。为了提升低迷的士气，让部队在10天内恢复作战，巴顿立即对全军作出彻底调整，命令所有士兵身穿干净整洁和完整的制服、订立严格的时间表，并要求严格遵守军事纪律。透過与士兵进行交谈，巴頓将他们訓練成高效率的战士，除了要求严格外，也依其表現來給予獎賞[3]:96-97。
巴顿的训练是有效的，3月17日，第1步兵师攻下加夫萨，在爱尔圭塔战役（Battle of El Guettar）中取勝，德国和意大利的装甲部队两次被逼退。4月5日，巴顿因第1装甲师師長奥兰多·沃德（Orlando Ward）表现乏善可陈而解除了他的职务。巴顿的军队朝加贝斯进军，向軸心軍的马雷斯防线施压[3]:96-97。这段时间裡他向英国陆军总指挥哈罗德·亚历山大报告，還曾因自己部隊沒有得到空軍支援而与英国皇家空军少将亚瑟·科宁翰（Arthur Coningham）发生争执。当科宁翰派遣的三名军官在巴顿的总部劝他说，英国提供了足够的空中支援时，他们遭到了德国的空袭，巴顿办公室的部分天花板在他们周围坍塌。之后提起發動空襲的德軍飛行員时，巴顿表示：“要是我能找着开这些飞机的那些狗杂种，我会给他们每个人寄去一枚勋章。”[3]:98-99等到他的部队到达加贝斯时，德军已经撤离。巴顿于是将第2军的指挥权交给布拉德利，自己回到卡萨布兰卡指挥第1装甲军協助制定登陸義大利西西里岛的「哈士奇行動」。由于担心美军有流於邊緣化的可能性，他说服了英军指挥官让他们继续战斗到突尼西亚战役结束后盟軍再進行下一步行動[2]:188[3]:98-99。
西西里岛战役
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参见：西西里岛战役
1943年，在西西裡布罗洛附近的巴顿。
在代号「哈士奇行動」的西西裡岛登陸戰中，巴顿是第7集团军的指挥官，他带领9万名官兵在杰拉、利卡塔和斯科格里蒂（Scoglitti）登陆，並支援从北面進攻的英国第8集团军（由伯纳德·蒙哥马利指揮）。巴顿的第1装甲军在登陆的1943年7月10日清晨前刚刚正式组入第7集团军，他们在利卡塔受到了风和天气的阻碍，但还是成功抢滩。然后他们击退了杰拉的反击[3]:101-104，巴顿在战斗中亲自带领部下与德国援军战斗[2]:201-202。
巴顿起初奉命保护英军左翼，但由于蒙哥马利的部队在前往墨西拿的路上受到德意聯軍的强烈抵抗而进展缓慢，因此亚历山大命令巴顿攻下巴勒莫。作为杰弗里·凯斯（Geoffrey Keyes）领导下一个临时军的组成部分，卢西恩·特拉斯科特（Lucian Truscott）率领第3步兵师于72小时内行军160公里，于7月21日到达巴勒莫。巴顿接下来把目光转向墨西拿[3]:105-107，原先他想迅速發動两栖进攻，但由于登陆艇不足而被延遲，手下的官兵直到8月8日才登上了圣斯特凡诺岛，此時德意軍主力已撤离至意大利本島。8月10日，他下令第3步兵师继续登陆，这引起了大量的伤亡，但也成功逼退德军，然后立即向墨西拿进军[3]:108-109。第三波登陆于8月16日完成，到了晚上22点，墨西拿已经被攻下。在这场战役中，拥有20万人的第7集团军伤亡人数达到7500，不过他们共擊斃與俘虏了11.3万轴心国军人、摧毁车辆3500辆，但还是有4万德国军人和7万意大利军人以及1万辆车辆逃脱[2]:215[3]:110-111。
巴顿在这次战役中的行为引发了一些争议。亚历山大曾于7月19日下令巴顿對墨西拿的进攻有所節制，但巴顿的参谋长霍伯特·盖伊（Hobart Gay）准将声称这条信息“在传送过程中遗失”，直到已经攻下墨西拿后才找到。7月22日，他开枪打死了一对拉车经过一座桥时停下来的骡子。这辆车当时堵住了正遭到德国飞机攻击的美国装甲部队的去路。当骡子的西西裡主人提出抗议时，巴顿用一根手杖打了对方，并把两头死骡子推到桥下[3]:105-107。得知自己的部下在比斯卡里屠殺多位意大利和德军战俘时，巴顿在自己的日记中写道：“我告诉布拉德利，把這些死人都说成是狙击手或是试图逃跑（的战俘）或許有点誇張，但这种事外傳会让报社捅出大漏子、民众也都会发狂。不管怎樣，這些人毕竟死了，那也沒办法了。”[12]:119巴顿还多次与泰利·德·拉·梅萨山艾伦和小西奥多·罗斯福产生分歧，并默许了布拉德利解除他们的职务[1]:466。
掌掴事件及后果
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主条目：乔治·巴顿掌掴事件
巴顿与将要后送的伤员交谈。
1943年8月，巴顿掌掴了手下两名士兵，此事引发軒然大波。8月3日，他在尼科西亚的一个后送医院打了患有战斗疲劳的二等兵查尔斯·H·库尔（Charles H. Kuhl）的耳光并加以辱骂[9]:331。8月10日，巴顿又在另一个医院掌掴了二等兵保罗·G·伯奈特（Paul G. Bennett），情况与几天前的事件类似[9]:331。巴顿命令两人立即回前线[3]:118，巴顿严词谴责这种在他看来属于懦弱的行为，并向手下的指挥官下令对任何抱怨战斗疲劳的士兵加以管教[3]:117。
这两起事件的消息很快便傳到艾森豪威尔，他私下谴责了巴顿并坚持要其道歉[9]:329。巴顿分别向两名士兵以及见证过事件的医务人员道歉[9]:336，还在之后向自己所有的部下发表幾次相關的演說[9]:338。起初，艾森豪威尔阻止了媒体报道这一事件[1]:535-536，但到了11月，记者德鲁·皮尔森（Drew Pearson）将之通过自己的广播节目抖了出来[3]:120。美国国内对巴顿提出了严厉的批评，其中包括国会议员、退役将军、巴頓的前上司——潘兴就是其中之一[9]:379[10]:160-166。公众对此事反应不一[9]:377，最终战争部长亨利·刘易斯·史汀生表示巴顿必须留在指挥岗位上，因为“在这场激烈的战斗赢得最终的胜利前，”需要有他那“积极进取、胜券在握的领导风范”[1]:543。
巴顿此后连续11个月都没有再指挥军队战斗[3]:122。9月，无论在军衔还是经验上都不及巴顿的布拉德利获选指挥在英格兰成立的美国陆军第1集团军，準備發動登陸歐洲北部的大君主作战[9]:345。据艾森豪威尔所说，这一决定早在掌掴事件为公众所知数月前就已作出，但巴顿还是觉得自己是因为掌掴事件而不能担任指挥官[3]:121。艾森豪威尔觉得进军欧洲事关重大，容不得丁点儿的马虎。他和马歇尔都知道巴顿是一位优秀和积极的集团军级作战指挥官，但布拉德利却拥有两个巴顿显然不具备，但对一位战区级别战略统领非常重要的特性：冷静、理性的风范和一丝不苟并保持一致的习性。掌掴事件只是进一步确认了艾森豪威尔对巴顿身为指挥官缺乏纪律和自控能力的印象[9]:348。1944年1月26日，巴顿被正式任命为美国陆军第3集团军的指挥官，这是一支刚刚到达英国的野战军，其中大部分士兵没有实战经验。巴顿的任务是训练这支部队令其对即将到来的大君主作战做好准备，届时第3集团军将与其他盟军部队一起发动诺曼底战役，对纳粹德国发起总攻[3]:124[9]:407。1944年初巴顿都一直在执行这项任务[9]:423。
德軍高層敬重巴顿胜过其他任何一位盟军将领，并认为他将是任何从英国进军欧洲军事行动的核心[3]:127。正因如此，盟軍在1944年初設計的坚忍行动欺敵計畫裡把巴顿設為盟軍入侵歐洲的关鍵人物[9]:409。盟军让德国情報網大量收到假情报，使其誤認為巴顿已经被任命为美国第1集团军群的指挥官，并且正在对进军加来海峡省作准备。但第1集团军群实际上根本不存在，而是在多佛尔附近地区使用道具和无线电信号等手段做诱饵来误导德军的侦查机，让轴心国领导人相信这一地区有大批部队集结。整个1944年初，巴顿遵照上级命令保持低调，使德国人以为他人一直在多佛尔，而他实际上正在英国训练第3集团军[3]:127。坚忍行动的效果卓越，德国第15集团军一直在加来省等待着巴顿率軍进攻[3]:128，甚至在1944年6月6日盟军进攻诺曼底后還繼續等著。一个月后，巴顿飞往法国回归作战指挥任务[3]:132。
诺曼底的突破性攻势
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主条目：诺曼底战役
到达诺曼底后的整个七月，巴顿的第3集团军形成了盟军地面部队的最右翼（西方），巴顿的朋友吉尔伯特·R·库克本是第3集团军的副总指挥，但由于患病而被巴顿解除了职位，这个决定让库克“深感震惊”[13]。布拉德利美国第12集团军群下的第3集团军于1944年8月1日正午开始行动，同时往西进攻了布雷斯特，往南和东面朝塞纳河进军，向北协助在法莱斯和阿尔让唐之间进行的法莱兹包围战，俘获数十万德国官兵[3]:135-136, 139-140。
巴顿和他部队的战术偏向于快速和主动的进攻，他的部队与其他三个盟军集团军相比在最初几星期遇到的抵抗也比较少[3]:137。第3集团军会采取向前方派出侦察队的方式來确定敌军位置和战斗力，之后将自行火炮移至矛头部队，选择一个向前的良好位置安放，准备通过间接火力对受到掩护的德军阵地进行攻击。如派珀L-4（Piper L-4 Cub）之类的轻型飞机担任炮兵监察并提供空中侦察。一旦发现目标，装甲步兵会以坦克作为步兵支援展开攻擊，接著其他装甲部队就会突破敌人防线、擴大缺口、不断施压迫使德军撤退，防止他们重新组织成一道堅強的新防线[14]:215-216。美军利用火力侦察前进，.50口径的白朗宁M2重机枪在这一任务中发挥了很好的作用，经常对正在埋伏等待来进行偷袭的德国反坦克榴弹发射器部队造成巨大伤害，而且也擊潰了德军步兵对美国装甲步兵的攻势[14]:212。
巴顿军队的进攻速度很大程度上依赖于空中侦察和空中战术支援[14]:215-216。第3集团军在总部拥有数量远超其他部队的军事情报人员，专门对空中打击进行协调[15]:44，其对应的近距离空中支援组是由奥托·P·韦兰德（Otto P. Weyland）准将指挥的第19战术航空司令部，该單位是由埃尔伍德·克萨达（Elwood Quesada）专为美军第1集团军发动「眼镜蛇行动」而編列的，使用战术為由一位身处正在进攻坦克中的空中交通管制员对密接支援作出指示，这一战术得到了第3集团军的广泛使用。每一个队列都会得到3到4架P-47和P-51战斗-轰炸机的空中战斗巡逻掩护[15]:85。
在从阿夫朗什进军阿尔让唐的过程中，第3集团军只用了两周时间就前进了97公里。巴顿每天会听取情報官奥斯卡·W·科奇（Oscar W. Koch）上校关于“极端”（Ultra）情报小組的汇报，告知他有关德国反击的动向和应在何处布署兵力等[3]:138。对于第3集团军在法国北部的进军同样重要的是补给梯队的快速推进，第3集团军的后勤补给由沃尔特·J·穆勒（Walter J. Muller）上校监督，他强调灵活性和即时反应，并对补给梯队进行调整，以便能够让前方部队快速取得突破。巴顿向洛林的快速进军展示了他对美国军队技术上优势的敏锐反应。美国和盟军的主要优势就是机动和空中优势。美国陆军有更多的卡车，性能更可靠的坦克以及更好的无线电通讯系统，这些都在快节奏的进攻中发挥了重要作用[14]:217。
洛林战役
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1944年10月，巴顿授予手下二等兵欧内斯特·A·詹金斯银星勋章
1944年，由于第3集团军在梅斯外不远的摩泽尔河附近用完了燃料，巴顿的进攻也告中止。巴顿期望战区指挥官保持燃料和补给畅通来支持进军，但艾森豪威尔的戰略偏向于在部隊全面推进、認為单一部队進行深入进攻時將會使侧翼失去保護而容易被擊敗，同时艾森豪威尔也優先让蒙哥马利带领的第21集团军群可以更优先地获得补给，以接下來發動該人策劃的大攻勢——市场花园行动[16]。由於其他部队都對有限的資源有所需求，第3集团军耗尽了燃料供应而無法前進[17]。巴顿相信自己的部队已经足够接近齐格菲防线，他对布拉德利指出，只要給他40万加仑汽油，自己可以在两天内打进德国[3]:141。9月末，一支德国装甲部队發動進攻，试图阻止巴顿第3集团军的进军，但在阿尔拉库尔战役（Battle of Arracourt）中被美国第4装甲师击败。尽管巴顿获得了此战的胜利，艾森豪威尔仍命令第3集团军留在原地待命，德军指挥官也因此誤以為德軍发动的反攻获得了成功[18]。
第3集团军在9月的停顿已经使德軍爭取到足夠的時間來強化梅斯的防御工事（fortifications of Metz）。10月和11月，第3集团军与德军在梅斯战役（Battle of Metz）中陷入僵持，双方都遭受了惨重的伤亡。不过到了11月中旬，美军还是成功攻下了梅斯[3]:142。巴顿攻下这个城市的决定受到了批评，战后接受过采访的德军指挥官表明，巴顿其實大可直接绕过这座城市，向北进发到达卢森堡，并在那裡截断德军第7集团军[19]:546。德军在梅斯的指挥官赫尔曼·巴尔克（Hermann Balck）将军也指出，一个更直接的进攻可以让盟军在这个城市获得更具决定性的胜利。历史学家卡罗·埃斯特（Carlo D'Este）后来写道：「洛林战役是巴顿最不成功的战役之一，他错在没有更积极果断地对自己的军队作出部署[1]:669」。由於盟軍的补给作業在安特卫普可供使用前一直優先供應給資源甚缺的蒙哥马利部队，巴顿为自己的部队缺乏进展而發愁。自11月8日至12月15日，第3集团军只前进了不到64公里[3]:143-144。
突出部之役
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主条目：突出部之役
1945年，身在歐洲戰場的布拉德利、艾森豪威尔與巴顿。
1944年12月，德军在格特·冯·伦德施泰特元帅指挥下穿过比利时、卢森堡和法国东北部展开了最后一搏的攻势——「萊因守望行動」。1944年12月16日，德军集结了29个师共25万人的兵力进攻盟军战线的一个薄弱点。這一战史称突出部之役，战局初期欧洲正值多年来天气最恶劣的一个冬天，德軍朝默兹河方向取得了显著的进展。12月19日早上，艾森豪威尔召集西部战线的所有盟军高级将领在凡尔登附近的一个总部开会，对德国的进攻商讨对策[1]:675-678。
这个时候，巴顿的第3集团军正在萨尔布吕肯附近展开激战。猜测盟军将领意图的巴顿命令部下制订了三个不同方案，可將第3集团军的單位即時切割成子單位，向目前被德軍佔領的地區發動多重攻勢[20]:77。最高統帥部的会议由艾森豪威尔主持，出席者包括巴顿、布拉德利、雅各布·L·德弗斯上将、肯尼斯·斯强恩（Kenneth Strong）少将、以及盟軍最高統帥部副司令空军元帅亚瑟·泰德以及大批的参谋官员[9]:599。当艾森豪威尔询问巴顿需要多长时间可以在第3集团军中分离出6个师、朝向北反击以解救被困在巴斯托涅的第101空降师時，巴顿回答：“只要你和我说完了就行”[20]:75。然后他澄清自己已经安排了3个整师于12月21日，即会议后48小时左右展开反击[20]:75。艾森豪威尔对此感到怀疑：“可别做糊涂事啊乔治。你要是那么早就行动是不会有三个完整师做好準備的，到时候你就只能零敲碎打了。”巴顿回答他的部下已经有了一份应急预案准备行动。艾森豪威尔还是觉得难以置信，他命令巴顿在12月22日早上至少带领三个师发起进攻[3]:148-149。
巴顿离开会议室，打电话给自己的部下说了两个字：“开球”。接到这个代码命令的手下启动了三个师的动员工作，分别是第4装甲师、第80步兵师和第26步兵师，动员他们向北面的巴斯托涅进发[20]:77。巴顿重新佈署了第3和第12军中一共6个完整师的兵力，从他们在萨尔河前线的位置沿着一条线从巴斯托温延伸至迪基希和埃希特纳赫（Echternach）[20]:78。在几天的时间裡，超过13.3万辆第3军车辆重新转入进攻，共计行进了240公里，之后跟随着截有62000吨物资的支援梯队[20]:79。
12月21日，巴顿与布拉德利会面对即将开始的进攻进行核查，巴顿一开始就说：“布拉德（Brad，布拉德利的綽號），是时候让德国人把脑袋探进绞肉机裡了，我已经抓好操縱桿了啦”[20]:77，然后巴顿要求让自己的第3集团军向科布伦茨展开进攻，从那裡切断突出部，把所有德国人困在攻势之下。经过短暂的考虑后，布拉德利否决了这个提议，因为他更关心的不是杀死大量的德军，而是在巴斯托涅陷落前加以解救[3]:148-149。由于期望自己进军时能有个好天气，从而获得美国陆军航空队的近距离地面支援，巴顿命令第3集团军的随军牧师詹姆斯·奥尼尔（James O'Neill）上校谱写了一段合适的祈祷词：“万能而又最仁慈的主啊，我们谦卑地恳求您的大恩，约束这些我们不得不面对而且毫无节制的降雨。给予我们战斗的公平天气。优雅地倾听我们作为士兵向你的请求，以你的力量加以武装，我们可以从胜利走向胜利，粉碎我们敌人的压迫和邪恶，建立起你那人与国家之间的正义。阿门。”之后天气果然很快好转，巴顿于是当场授予奥尼尔一枚铜星勋章[1]:535-536。
1944年12月26日，第3集团军的第4装甲师先锋部队到达巴斯托涅，打開了一條救援被圍美軍的補給線。巴顿将在冬季组织起來的6个师脱离战斗前线，然后北上解救巴斯托涅的被困友军是他在战争期间最卓越的一項成就[3]:152-153。他之后写道，解救巴斯托涅是“我们迄今为止所进行的最辉煌的行动，而且在我看来也是这场战争中最杰出的成就，这是我最大的一战”[20]:79。
进军德国
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到了2月，德军已经全线撤退，巴顿的部队則開進了萨尔，但他又一次发现其他的部队可以优先获得汽油和补给[3]:156。为了获得这些，第3集团军军械部门设法冒充第1集团军人员，并且在一次事件中从第1集团军的转倾仓库获得了数千加仑汽油[21]。从1月29日到3月22日，第3集团军攻下了特里尔、科布伦茨、宾根、沃尔姆斯、美因茨、凯撒斯劳滕和路德维希港，打死打伤99,000名德军，俘虏14万零112人，这几乎是德国第1和第7集团军的所有殘部。在此期間，巴顿曾接到绕过特里尔不要进攻的命令，因为高层认为需要有4个师才能拿下这裡，但接到命令时特里尔已经落入美军之手，巴顿于是挖苦地回应道：“已经用两个师拿下特里尔，请问你這是要叫我还给他们（德軍）嗎？”[22]
3月22日，第3集团军在建好桥梁后开始跨越莱茵河[3]:157，巴顿之后吹嘘自己过河时曾向河裡撒尿[2]:322。
1945年4月12日，艾森豪威尔、布拉德利和巴顿视察解放后奥尔德鲁夫集中营（Ohrdruf concentration camp）的一个火葬柴堆
1945年3月26日，巴顿派出有314人，16辆坦克以及其它各种车辆组成的鲍姆特遣队（Task Force Baum）前往德军战线后方约80公里的哈梅尔堡附近解放13B軍官戰俘營（Oflag XIII-B）。其中一名戰俘是巴顿的女婿约翰·K·沃特斯（John K. Waters）中校（在北非被德軍所俘）。然而这场突袭失败了，特遣隊仅35人生还，其他人不是被杀就是被俘，57台车辆都没了。集中营指挥官君特·冯·高克尔（Günther von Goeckel）少将打电话来呼吁休战。他同意与包括一名德国军官在内的多人一起充当中介，自愿走出集中营和美国人见面。可就在这位德国军官向他的同胞说明情况前，沃特斯在走向美国人时被一位不知情的德国士兵开枪打中臀部。他马上被带回集中营由一位在此实习的塞尔维亚医生予以治疗。当艾森豪威尔得知这起秘密行动时，他气疯了[3]:158-159。巴顿之后报告这是自己在战争期间犯下的唯一一个错误，他觉得正确的做法应该是派出一个大上三倍的部队[23]。
4月，对第3集团军的抵抗已经逐渐减弱，部队主要致力于管理為數約40万的德国战俘[3]:158-159。1945年4月14日，巴顿被擢升为上将，战争部长史汀生主张以此晋升来认可巴顿在1944年战争期的战斗成就[9]:655。当月晚些时候，巴顿、布拉德利和艾森豪威尔一起参观了梅尔克斯盐矿和奥尔德鲁夫集中营，这一过程中的所见所闻让巴顿非常厌恶。隨後，第3集团军受命前往巴伐利亚和捷克斯洛伐克，预计那裡会有纳粹德国最后的一部分军队。据说巴頓得知蘇軍即將攻下柏林时感到相當驚訝，他認為後者將是自軍部队前往比尔森的一个威胁，但在戰爭結束前不久，艾森豪命令巴頓的部隊止於布拉格[3]:160–162。
在从莱因河到易北河的进军过程中，巴顿的第3集团军的人数约为25万至30万，他们一共占领了84860平方公里的德国领土，受到的损失为2102人阵亡、7954人受伤和1591人失踪，而与第3集团军对抗的德军则共有20100人阵亡、47700人受伤和65万3140人被俘[24]:194-195。
从1944年8月1日加入战斗开始，到1945年5月9日敌对状态结束，第3集团军共计连续作战281天。这一期间跨过了24条大河、占领了21万1000平方公里领土，其中包括12000个城市和城镇。第3集团军声称一共击毙、打伤或俘虏了181万1388名德军士兵，这个数字相当于其总人数的6倍[24]:194-195。富勒对第3集团军纪录的核查中只在击毙和打伤的人数上有所不同，其中认为从1944年8月1日到1945年5月9日，第3集团军共击毙敌军47500人、击伤11万5700人、俘虏128万零688人，共计144万3888人[25]。